工程预算审计以基建项目为标，包括资金来源、基建计划、前期工程、征用土地、勘察设计、施工实施的一切财务收支；工程预算审核以单位工种为标的，只对单位工程预算的合理负责。
审计与工程预算审核是两个截然不同的专业学科，审计以会计师、审计师为主；而工程预算审核以工程经济和工程技术人员为主。目前 正在实行注册造价工程师制度，今后的工程预算审核，将以造价工程师为主。
工程预算增加工程是“猫腻”较多的地方，究其原因，主要是设计单位设计深度不够，建设单位责任心不强。有些承包商在“低价中标法”中不计成本得到工程后，为了弥补损失，千方百计增加工程签证，在利益诱惑下，某些项目管理者乱签证、补签证现象严重 ，审计人员一旦认真复核，通常会发现签证工程量与实际出入较大。安装、装饰及园林工程结算取定的材料单价和市场行情出入很大，有的甚至“偷梁换柱”。例如某国产灯具安装材料套用进口材料价格，工地现场的名贵树种规格和结算书的规格大相径庭，通过现场勘查取证 ，工程预算水分被大大挤压出来。
工程预算勘察设计费是指施工企业为进行建设工程施工所必须设置的生活和生产用的临时建筑物、构筑物的搭设、维修、拆除、清理或摊销等费用。包括施工现场采用彩色、定型钢板、砖、混凝土砌块等按照标准设置围墙、围挡等费用；临时宿舍、办公室、食堂、厨房、厕所、诊疗所、临时文化福利用房、农民工夜校、临时仓库、加工场、搅拌台、临时简易水塔、水池等费用；临时供水管道、临时供电管线、小型临时设施等费用；施工现场规定范围内临时简易道路铺设、临时排水沟、临时排水设施等费用；其他临时设施费用。
工程预算审计主要针对工程项目决算的，在一个建设项目竣工完成，建设单位与施工单位结算工程款时进行的。工程预算审计就是工程预算审核（审价），是工程预算咨询单位咨询业务的一部分。受业主委托对其工程项目的概算、预算及结算等，依据现行 政策法规、计价依据及相关工程技术资料对送审造价的工程量、单价及取费等进行逐项审核。在运用工程量清单计价模式进行工程预算审计工作时，可以从以下几个方面来进行：