工程预算设计部门应当加强以下几个方面的工作：
1）工程预算项目的设计单要严把质量关，保证所提交的工程设计具有较高的质量；
2）应当明确职责并与奖金挂钩，发挥绩效的积极作用；
3）应当有计划有目标地培养技术骨干，通过请专家来对企业员工进行培训、参观设计的工程、定期组织工程设计评比等多种手段，逐步培养工程设计人员的创新意识，不断提高设计方案的质量。
按照工程的建设阶段不同，工程造价可以分为以下七类:
(1)投资估算造价――项目建议书和项目可行性研究阶段；
(2)概算造价――初步设计阶段；
(3)修正概算造价――技术设计阶段；
(4)预算造价――施工图阶段；
(5)合同价――工程招投标阶段
通过相应的政策改变可以控制整体工程的造价，我国目前的设计费用是由工程总体造价来决定的，设计人员会从工程总体造价中抽取一定百分比的酬劳，这项政策是建筑行业一直以来的一个弊端，对控制工程预算十分不利，许多设计人员会因此通过不合理的材料采购或者故意进行高额的工程预算预算来提高工程预算，政府和相关的企业可以通过一系列的奖励和惩罚措施。另外，在审计的过程中，也要对设计人员的设计方案进行严格审查，发现不合理的地方要及时纠正，对于故意抬高工程预算的设计方案要坚决淘汰，这样才能体现出工程审计的作用，审计人员一定要尽职尽责，尽可能的保证工程质量的同时降低工程预算的成本。在具体的设计施工前双方会签订有效的施工合同，在之后的设计方案评选中，相关部门会对有关的图纸设计文件进行严格的审查。加大审查力度的同时，可以提高设计人员的自觉意识。
工程预算在我国工程预算控制中的应用问题及建议：
（1）建设单位及施工单位不了解和不重视
我国以公有制为主体，多种所有制经济共同发展的基本经济制度决定了我国许多大中型建设项目的建设单位都是 ，且大多数建设单位对工程预算控制的重视远远不够，不少建设单位是想方设法把资金用完，而不是节约资金。施工单位则只注重承接业务，不注重对业主的承诺实现。
（2）价值工程的实施未贯穿于工程项目全生命周期
目前，我国大多数工程项目应用价值工程的造价控制都仅局限于某一阶段，如项目竣工结算阶段、设计阶段、材料采购阶段等
工程预算在目前审计审计任务日益繁重 ，而审计力量相对有限的情况下 ，审计人员如何根据工程项目的实际情况选择工程预算审计方法，以便提高审计效率，又快又好地完成审计任务随着 经济快速发展及投资的增长，建设项目投资审计受到社会各界的空前重视。工程预算审计是政府投资项目审计的重要组成部分，特别在节约建设资金、提高项目管理水平方面具有显著作用。近年来，随着政府基本建设力度的加大，投资审计倍受社会各界关注，各级政府部门对投资高重视，这对审计和审计人员来说，既是一种鼓励，