工程预算如果是预算结算承包，审计的重点是核查乙方提出的设计变更资料是不是通过了原来设计部门的同意或是经过了甲方的签证，这里的重大设计变更有没有计划或者是主管部门的审批手续，变更工程量的计算是不是真实，套用定额与单价是不是合适且准确，设计变更的增减是不是同步，有没有巧立名目、自行定价、搭车收费的现象。预算加系数或是平方米等价已经承包，审计的重点原则上已经把预算的变动，加价系数等算在内，因此不应该再零星项目变动经济洽谈。如果是招标承包，审计的重点是结算应该按中标合同的标价执行，当然遇到特殊复杂工程可以调价，也要有补充的合同，否则就不应该在 的结算关头再另行加价。
工程预算审核是运用科学、技术原理和经济法律手段，解决工程建设活动中工程预算的确定与控制．从而达到提高投资效益的经济效益目的的行为，是确定造价的实施过程和行为根据项目审计与工程预算审核在依据、标的、目的、法律效力、从业人员等方面是有本质区别。
工程预算政府投资项目结算中的高估冒算还比较普遍， “三超”现象严重 ，通过重点抽查审计，可以发现并纠正大量违法乱纪行为，从总体上有效遏制超计划投资，节约大量的政府财政资金。这种方法的优点是审计时间短、风险小、效果好，适合对标底、专项预算和工程量清单的审计。例如，在某工程预算进行审计时，发现程项目很多，投资较大 ，如要对每个项目都进行审计，将要耗费大量的时间和精力。针对这一情况 ，审计人员在制定审计实施方案时 ，决定采用重点抽查法进行本次工程预算审计。经排查 ，发现天花进口矿棉板报价80 元/ m2，这个价格比市场上同类产品高出许多。
工程预算的竣工具体要求：
1、工程已达到甲方竣工要求。
2、各个系统的功能说明，设备配备情况，以及图例配备齐全，达到完整的竣工资料。
如何搞好竣工结算：
1、企业领导的重视。
2、编制人员具备各种工程的规范。
3、商签公平合同条款，为结算编制提供必要条件。施工技术资料填写质量要求：1、归档的工程预算应为原件。2、工程预算的内容及其深度必须符合 有关工程勘察、工程预算编制、施工、监理、等方面的技术规范、标准规程。3、工程预算的内容必须真实、准确、与工程实际相符合。4、工程预算应采用耐久性强的书写材料，如碳素墨水，不得使用易褪色的书写材料，如红色墨水、纯蓝墨水、圆珠笔、复写纸、铅笔等。5、工程预算应字迹清楚，图样清晰，图表整洁，签字盖章手续完备。