工程预算由于间接费、利润、税金等各项费用，是按照工程的专业（土建、安装、装饰、市政、人防、园林等）和工程类别（即按照施工难易程度分一、二、三、四类）分别规定了取费标准，审查时应该注意以下几个问题：审查取费标准是否与所用定额相匹配。在编制决算时，主体工程选用某专业定额，则取费标准必须选用与该专业配套使用的标准审查取费标准是否与工程类别相吻合。首先，根据工程规模及工程类别划分标准表，确定工程类别；然后，审查是否按确定的工程类别计取费用。如土建工程与安装工程的工程类别应分别按各自的工程类别划分标准表确定。
工程预算审计方法还有很多各有各的优缺点 ，要提高审计效率，关键是要会选择。政府投资项目范围广泛 ，各项目的建设难度、标准也不一致。另外，政府工程经常受到人为因素和自然条件的影响，往往建设时间长，存在较多的设计变更和现场签证 ，有的项目在审计时已经发生变化 ，甚至无法进行现场取证。这些因素决定了工程预算审计具有多样性、复杂性和风险性。因此，选择审计方法时，既要考虑不同的审计阶段和审计内容，还要结合审计目标，注意审计方法之间的交叉使用和外部审计条件的许可，做到有的放矢、科学使用。
工程预算审计主要针对工程项目决算的，在一个建设项目竣工完成，建设单位与施工单位结算工程款时进行的。工程预算审计就是工程预算审核（审价），是工程预算咨询单位咨询业务的一部分。受业主委托对其工程项目的概算、预算及结算等，依据现行 政策法规、计价依据及相关工程技术资料对送审造价的工程量、单价及取费等进行逐项审核。在运用工程量清单计价模式进行工程预算审计工作时，可以从以下几个方面来进行：
工程预算对分包工程进行全过程跟踪审计是提高分包工程内审质量的主要途径。本文主要通过对分包工程审计质量要素的分析，从内部审计的可操作性和务实角度，提出了在分包工程审计思路和方法，对分包工程内审质量的提高进行了探讨。分包工程作为总承包工程的一个重要组成部分，对分包工程进行全过程跟踪审计主要是以合同为主线，通过事前参与、事中监督、事后评价的全过程跟踪，抓住招标竞价、合同签约、现场变更、材料供应、竣工结算等重点审计要素，实现对分包工程的全过程跟踪审计。
