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工程预算审计以基建项目为标，包括资金来源、基建计划、前期工程、征用土地、勘察设计、施工实施的一切财务收支；工程预算审核以单位工种为标的，只对单位工程预算的合理负责。
审计与工程预算审核是两个截然不同的专业学科，审计以会计师、审计师为主；而工程预算审核以工程经济和工程技术人员为主。目前 正在实行注册造价工程师制度，今后的工程预算审核，将以造价工程师为主。
工程预算计量原则
（1）不符合合同文件要求的工程，不得计量；
（2）按合同文件所规定的方法、范围、内容、单位计量；
（3）按监理工程师同意的计量方法计量。
工程预算计量时监理工程师审查的主要附件：
（1）《中间计量表》
（2）《分项工程开工申请批复单》
（3）《检验申请批复单》及有关自检材料
（4）工程质量检验表及|考试|大|一级建造师|有关的质量评定意见
承包工程合同签定不规范，工程结算计价难以确定。工程预算在审计过程中发现，建设、施工双方承包工程合同签订不规范。在签订合同时不按投标文件的内容逐一填写，尤其是建筑规模和中标价，存在少填或者不填的现象，给工程计价取费留下活口，目的是为了竣工后高报工程结算价格打下伏笔，使得原本十分严肃的合同失去约束作用，建设单位失去了对施工单位工程报价的有效监督，容易造成决算价格偏高。同时，给工程结算造价审核带来难度和风险。
单位工程预算的编制依据
(1)上级领导对该单位工程的要求、建设单位的意图和要求、工程承包合同、施工图对施工的要求等；
(2)施工组织总设计和施工图；
(3)年度施工计划对该工程的安排和规定的各项指标；
(4)预算文件提供的有关数据；
(5)劳动力配备情况，材料、构件、加工品的来源和供应情况，主要施工机械的生产能力和配备情况
