在编制招标文件和相关合同时，在其中明确差额标准。比如，施工单位上报的竣工结算造价允许和审计核定造价存在一定的差额，但是浙江工程预算这个差额不能超过10%，否则就要由施工单位承担超出部分的审计费用，并且对其进行罚款。在审计时可以同时聘请两家审计单位进行审计工作，对两次审计结果进行对比，以控制审计质量。如果两家的审计结果存在差额，这个差额应控制在一定范围内。通过这样的方法保证审计质量，减少审计的负面影响。此外，在审计的过程中还要加强以下几个方面的审查：①投标承诺的让利是否到位；②工程量是否真实性；③材料报价是否真实；④签证单是否真实；⑤取费标准是否合理。市政工程造价控制是一个动态的过程，浙江工程预算不同的施工阶段其造价控制方法也不同，因此，在市政工程开展的过程中，要根据每个施工阶段造价控制容易出现的问题，采取针对性的措施予以解决，以保证市政工程造价控制的科学行和合理性，以降低工程成本，帮助企业在保证工程质量的前提下获取经济效益。
工程预算它是指审计人员亲临建筑物现场，对审计项目进行实地测量和观察，从而准确地审计已完工程建设项目的实际投资情况，发现疑点，验证事实，核实实际工程量，审定工程预算的一种方法。例如：某工程决算审计时审计人员经现场实际测量和观察，现场测的围墙工程量比实际工程量少68.6m；砼地坪工程量少120m2；以上两项核减工程预算12.36万元。它是指审计人员通过调查询问被审计单位参与基建项目管理的知情者，通过知情人事收集整理审计信息，以证实基建工程量与工程价款的真实性、合理性的一种方法。如审计人员某年对某单位一建筑基建工程决算进行审计，通过建设单位了解到该项目地板砖为甲供材，
施工单位施工过程中对技术资料的未能完整归档或有意不建档，造成建设单位在工程竣工后无法建立完整的工程资料档案并按要求报送工程结算所需资料，从而使审计工作周期拉长、风险加大。这个问题也的确存在。不过，按照一般的情况，审计周期是按提供完整的资料开始计算的。除非你自己的要求没有到位，那也怨不得别人。什么叫风险加大？是你审计费用不够用了吧？既然做了审计这个行业，就要有这个思想准备，否则人家建设单位为什么出钱给你啊！建设单位缺乏工程技术专管人员和工程技术专业知识或工程技术人员职业道德水准不高，造成工程项目施工中不合规的变更签证增多，从而使得工程预算随意增大。
工程审计是控制工程预算的有效措施，它可以提高工程资金的使用效率，对整个工程项目起到了监督检查的作用。随着经济的快速发展，我国开展的大型工程也相应的增多，工程项目审计在工程建设经济活动中起了越来越重要的作用。我国在工程审计中也相应地借鉴了国外的一些先进的技术，通过科学有效的创新管理，不断的丰富工程审计的项目和类型，推动了我国工程建设方面的重大发展。接下来我们具体讨论工程审计在工程预算控制中的有效作用。