工程预算审计方法还有很多各有各的优缺点 ，要提高审计效率，关键是要会选择。政府投资项目范围广泛 ，各项目的建设难度、标准也不一致。另外，政府工程经常受到人为因素和自然条件的影响，往往建设时间长，存在较多的设计变更和现场签证 ，有的项目在审计时已经发生变化 ，甚至无法进行现场取证。这些因素决定了工程预算审计具有多样性、复杂性和风险性。因此，选择审计方法时，既要考虑不同的审计阶段和审计内容，还要结合审计目标，注意审计方法之间的交叉使用和外部审计条件的许可，做到有的放矢、科学使用。
工程预算增加工程是“猫腻”较多的地方，究其原因，主要是设计单位设计深度不够，建设单位责任心不强。有些承包商在“低价中标法”中不计成本得到工程后，为了弥补损失，千方百计增加工程签证，在利益诱惑下，某些项目管理者乱签证、补签证现象严重 ，审计人员一旦认真复核，通常会发现签证工程量与实际出入较大。安装、装饰及园林工程结算取定的材料单价和市场行情出入很大，有的甚至“偷梁换柱”。例如某国产灯具安装材料套用进口材料价格，工地现场的名贵树种规格和结算书的规格大相径庭，通过现场勘查取证 ，工程预算水分被大大挤压出来。
审计人员对于竣工之后的工程预算酬劳核算也要严格把握，对于所有的工程建筑材料都要进行仔细的核算，我们的社会是一个绿色发展的社会，因此性价比高的建筑设计才是被主流社会所接受的，必须严格的控制整个工程的投资额度，随着大数据时代的发展，以后的建筑必定会被把握的更加严谨，工程中出现的一些不良现象也一定会通过工程审计的监督而无所遁形，工程整体造价也一定会工程审计的日趋完善而变得越来越贴近实际。推动我国的经济发展。
从管理模式上着手，建立建设监理制，追求项目投资的有效控制按照监理规定和实施细则，完善职责分工及有关制度，落实责任，从工程管理机制上建立健全的投资控制系统。同时做好月度工程进度款审核，避免投资失控。工程进度款的审核，对经监理方确定的工程量，按合同约定的计价依据，套用材料单价及费用定额进行核价后支付相应的工程进度款。从技术措施上展开项目投资的有效控制对主要施工技术方案做好论证的基础上，广泛应用新材料、新工艺、新办法等等，想方设法在技术上实施项目投资的有效控制。技术措施是实施项目投资的必要保证。据统计，材料费一般占直接工程费的70%左右。同时，山南工程预算直接费的高低影响到间接费的高低，因此，选用新工艺、新材料，是提高劳动生产率和缩短工期的有力保证。从经济措施上展开项目投资的有效控制严格控制现场经费和总部管理费，合理使用广告策划费、销售代理费等，减少销售成本， 限度降低静态投资。