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目前市面上常用的碳源：甲醇、乙酸、乙酸钠、面粉、葡萄糖、生物质碳源及污泥水解上清液等。在使用过程中，需要根据实际工程情况选择合适的碳源。
甲醇作为外碳源具有运行费用低和污泥产量小的优势，在甲醇碳源不足时，存在亚硝酸盐积累的现象。以甲醇为碳源时的反硝化速率比以葡萄糖为碳源时快3倍，其 碳氮比（COD：氨氮）为 2.8～3.2 。
但甲醇作为外加碳源时，有以下3点问题需关注：
甲醇易燃，为甲类危化品，储存和使用均有严格要求。特别是其储存需报当地公安部门备案审批，手续繁琐。
碳源的作用是为生物提供细胞代谢的碳框架，是一切生物得以生长、育种提供了物质基础。复合碳源是一种新型复合碳源，通过生物脱氮补碳产生，具有良好的经济性、适用性广，、纯生物制品生产和使用成本低，经济效益可观。复合碳源为棕色液体，无刺激性气味，液体呈弱酸性结构成分为有机酸醇类糖等小分子结构。根据目前的产品结构，它可以替代传统的甲醇、对醋酸铵的依赖性等降低了使用成本，产品使用范围更广，可更广泛地应用于各种城市水处理、与传统同类产品相比，工业废水处理提高了废水的脱氮能力和废水处理效率、污水处理质量提高，水体除磷效果很好目前多用于水处理行业的缺氧池、反硝化过滤等领域，同时能为厌氧反应器提供充足的碳源保障。
生物质碳源随着污水脱氮要求的提高，新兴起专业生产碳源的企业，他们通过生物工程原理，对一些糖类、农产品废料等进行发酵，生产无害的生物制品，主要组分是小分子有机酸、醇类、糖类。其较单一的化学品更容易被微生物利用，其使用成本比单一化学品便宜，具备极高的性价比。
但其弊端：
产品的稳定性待提高，使用前需对每批次产品当量COD进行检测。
污泥水解上清液
生物转化挥发酸VFA 来源于污泥水解的上清液，由于水解所产生的 VFA 拥有很高的反硝化速率，碳源可以直接由污水厂内部提供，在污泥减容的同时还减少了碳源运输方面的问题，所以它是目前比较有优势的碳源。
生物复合碳源对于污泥水解利用做外碳源的研究，目前不同的结论有很多，但总体认为它作为反硝化脱氮系统的碳源是一种很有价值的方法。
复合碳源是针对污水处理研发的液体碳源，是一种非危险性、、绿色、具有极高的COD当量和性价比的无害碳源。是以多元醇为基础原料，采用生物营养剂C型特有的促生技术和微碳技术，复配而成的、的环保碳源。国内外的实践已经证明，从反硝化速率、亚硝酸盐积累、污泥产率等方面考量，作为长期使用的碳源，醇类物质较酸类和糖类物质具有突出的综合优势。醇类物质的明显短板在于响应速度逊于酸类物质。复合碳源的解决方案在于如下两方面。
一、复合碳源的品质决定反硝化的效率。不同的醇，效率不同，即使同一种醇，数种同分异构体也会表现出不同的效率，筛选出很率的醇类组合，并确保持续稳定的品质。
二、微生物的活性决定反硝化的效率。脱氮，归根到底还是微生物的代谢过程，碳营养固然关键，但是微生物的良好生长，需要各种营养因子，任何一个短板都有可能影响活性。生物营养剂C型的促生技术，提供包括甲壳素、多糖、维生素、各种微量元素在内的营养因子，通过微碳技术（极小分子有机酸片段）作为载体运输，极大提高反硝化细菌的活性，从而确保和提高整个反硝化过程的效率。
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