承包工程合同签定不规范，工程结算计价难以确定。工程预算在审计过程中发现，建设、施工双方承包工程合同签订不规范。在签订合同时不按投标文件的内容逐一填写，尤其是建筑规模和中标价，存在少填或者不填的现象，给工程计价取费留下活口，目的是为了竣工后高报工程结算价格打下伏笔，使得原本十分严肃的合同失去约束作用，建设单位失去了对施工单位工程报价的有效监督，容易造成决算价格偏高。同时，给工程结算造价审核带来难度和风险。
工程预算建筑规模有时也会不一样。比如规划许可证是10000平米，但是招标文件上是10500平米，中标了和你怎么填？填10500平米，那么就会合规划许可证发生冲突，到时候也会领不了。因此如何判定是有意为之要具体分析。审计部门可能会对造价指标进行比较。如多层框架结构（不带地下室）每平米为多少元。可有的时候，招标单位的建筑面积是按照测绘部门提供的数据，而预算的建筑面积的计算方法有的不能和其接轨，难免会产生误差。那么，由此认为就提高了工程预算也是不妥的。
建筑工程虽然有面积和高度的不同，但是它们的各个分部分项工程的工程量、造就、用工量在每个单位面积上的数值变化不大，把这些数据以汇集、优选，找出这些分部分项工程在每个单位建筑面积上的工程量、价格、用工的基本数值，归纳为工程量、造价（价值）、用工三个单方基本值表，并注明其适用的建筑标准。这些基本数值如“筛子孔”，用来筛各分部分项工程量，筛下去的就不审了；没有筛下去的就意味着分部分项工程的单位建筑面积数值不在基本值范围内，应对分部分项工程详细审查。如果所审查的结算的建筑标准与“基本值”所适用的标准不同，就要对其进行调整。相关项目、相关数据审核法：南昌工程预算项目数很多、数据成千上万。对于初学者来说，乍一看，好象各项目、各数据之间毫无关系。其实不然，这些项目。这些数据之间有着千丝万缕的联系。只要我们认真总结、仔细分析，就可以摸索出它们的规律。我们可利用这些规律来审核南昌工程预算，找出不符合规律的项目及数据，如漏项、重项、工程量数据错误等，然后，针对这此问题进行重点审核。当然，也有一些工程量数据规律性较差，如柱基与柱身、梁与柱等等，我们可以采用前述的重点审核法。相关项目、相关数据审核法实质是工程量计算统筹法在预算审核工作中的应用。应用这种方法，可使审核工作效率大大提高。土建工程可变性因素较多，部分内容施工图又无法表示。有的施工企业开工前没有编制施工方案，或者编了施工方案，但没有和建设单位取得联系；或者有图纸但也没有完全执行。
工程预算工程材料费约占工程总价的60%左右材料价格的高低直接影响工程总造价。随着建筑市场材料价格的开放建筑材料的价格变化很大各种新产品工艺的不断出现使材料的定额预算价与市场价相差较大因此材料价格的审计对工程决算审计非常重要。在审计材料价格时先要确定审计材料的材料种类再审查材料的用量 审查材料价格材料价格应以当地定额站有关部门发布的主要材料市场信息价为依据或经建设单位签字认可的如无以上两种依据必须直接审查施工单位实际采购的材料发票以此来确定材料价格对于跨年度施工周期长的工程项目还应注意其材料价格应按施工当期价格套用避免产生跨期高套现象。对装饰工程中所采用的一些新型材料。