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工程预算审计方法还有很多各有各的优缺点 ，要提高审计效率，关键是要会选择。政府投资项目范围广泛 ，各项目的建设难度、标准也不一致。另外，政府工程经常受到人为因素和自然条件的影响，往往建设时间长，存在较多的设计变更和现场签证 ，有的项目在审计时已经发生变化 ，甚至无法进行现场取证。这些因素决定了工程预算审计具有多样性、复杂性和风险性。因此，选择审计方法时，既要考虑不同的审计阶段和审计内容，还要结合审计目标，注意审计方法之间的交叉使用和外部审计条件的许可，做到有的放矢、科学使用。
工程预算审计组长的职责（1）确定跟踪审计小组人员的分工和岗位职责。（2）主持编写项目跟踪审计实施方案，负责跟踪审计项目的内部管理和外部协调工作。审阅重要的咨询成果文件，制定咨询原则，处理重要技术问题。（3）负责跟踪审计项目内各层次、各专业人员之间的技术协调、组织管理、质量管理等工作，处理审核人、校核人、编制人员之间的技术分歧意见，对形成的咨询成果质量负责。（4）根据项目实施方案，动态掌握项目造价变化情况，负责确定阶段控制目标，进行风险预测，分析偏差制定纠偏措施。
通常的工程预算分析方法有：
（1）单方造价指标法。通过对同类项目的每平方米造价的对比，可直接反映出造价的准确性。
（2）分部工程比例。基础、混凝土及钢筋混凝土等各占定额直接费的比例。
（3）专业投资比例。土建、电气、采暖通风等各专业占总造价的比例。
（4）工料消耗指标。分析主要材料每平方米的耗用量的分析。
道路工程内容
a)路基、路面、桥涵、防护、临时工程等章节主要内容基本一致。
b)公路预算定额含有完整的交通工程及沿线设施定额，包括、监控收费、通信、供电照明、绿化工程等内容，而在市政定额中，设备的多用材料费（实际领用甲方材料数量减结算用量的差量乘甲方供应材料超量扣款单价）。同时，要对甲供材料、设备的多领和少领数量也应引起足够重视；多领和少领数量要与现场工程师一起核对确认，并要对其少领和多领原因进行分析，通过分析，进一步验证结算数量的正确性。材料价差严格按材料限价调整。
工程预算审计以基建项目为标，包括资金来源、基建计划、前期工程、征用土地、勘察设计、施工实施的一切财务收支；工程预算审核以单位工种为标的，只对单位工程预算的合理负责。
审计与工程预算审核是两个截然不同的专业学科，审计以会计师、审计师为主；而工程预算审核以工程经济和工程技术人员为主。目前 正在实行注册造价工程师制度，今后的工程预算审核，将以造价工程师为主。
