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微生物除臭剂烃类的降解途径根据同类的化学结构特点，主要可分为两部分：脂肪烃的降解途径和芳香烃的降解途径。无论是脂肪烃降解途径还是芳香烃降解途径，均通过微生物所生成的脱氢酶或是加氧酶以实现对烃类物质降解的快速催化。如能催化正烷烃为正烷烃的氢过氧化物的正烷烃氧化酶。2.4 含氧有机物恶臭气体的去除含氧有机物恶臭气体，如醛类、酚类化合物均易溶于水，而微生物对该类恶臭气体物质的去除原理与烃类恶臭气体物质的去除原理相似，均主要通过微生物生成的相关酶的高效催化降解作用。能够降解酚类化合物的微生物有Rhizobium（根瘤菌）、Fusarium（镰刀菌）、Candida（假丝酵母）等，常见的酚类污染物主要是苯酚、双酚A、壬基酚以及五氯酚。微生物通过加氧酶或脱氢酶，催化具有还原性的酚类污染物分解成CH4、CO2等无害终产物。如：苯酚首先经苯酚羟化酶降解为邻苯二酚，其后在邻苯二酚2,3—双加氧酶或1,2—双加氧酶作用下，经环裂解，形成三羧酸循环中间物。能够降解甲醛的微生物有Pseudomonas putida（恶臭假单胞菌）、P. Aeruginosa（铜绿假单胞菌）等。催化甲醛降解的关键酶是甲醛脱氢酶，其在谷胱甘肽以及NAD＋的辅助下，把进入细胞内的甲醛氧化为甲酸，其后甲酸在甲酸脱氢酶的作用下转化为CO2，由此实现对甲醛的去除。
微生物除臭剂虽然生物脱臭具有传统方法不可比拟的优越性和安全性，应用前景相当广阔，但是微生物除臭技术仍有许多亟需解决的问题：4.1 混菌除臭工艺有待优化根据不同类型的恶臭气体针对性使用相应的除臭微生物一般能够起到的除臭效果，然而无论是通过生物途径还是非生物途径产生的恶臭气体均多为多种恶臭物质的混合物，因此生物除臭装置或微生物除臭剂中的微生物群均由多种除臭微生物构成。微生物群构成虽基本能按照各类型菌株生理特性、新陈代谢特性进行组合，然而仍存在部分协同作用强，但因生理特性差异较大而难以协调生长，从而使得混菌体系不能实现除臭效果。优良除臭菌株的筛选与驯化以及不同类型除臭菌株协同效应、机制的研究将有利于该问题的解决。4.1 高浓度恶臭气体物质的对微生物的毒害问题高浓度条件下的恶臭气体或通过改变溶液中的pH，或直接对微生物产生毒害作用，从而降低微生物除臭剂的作用效果。如高浓度甲醛废水不适合用生物法处理。因此，对高浓度恶臭气体耐受性高的菌株筛选、能自动调节pH和温度等反应参数的除臭装置发明使用将是解决这一问题的关键。4.3 生物除臭反应器的优化现有生物除臭反应器，如生物滤床法、活性污泥法等虽在操作工艺、运营成本上占有优势，但存在占地面积大的缺点，反应器的小型化以及主装置和各辅助装置的一体化是解决这一问题的关键。同时，生物除臭反应器内应增加温度、pH、溶氧量、湿度、恶臭浓度等检测传感器，实现更高程度的专业化和自动化，在实现对恶臭气体更彻底的净化的同时，也起到解放人力，降低营运成本的作用。
微生物除臭剂传统生物脱氮脱氮工艺有短程消化-反硝化工艺、OLAND工艺（氧限制自养消化反硝化工艺）、CANON工艺（全程自养脱氮工艺）等。短程消化-反硝化工艺以及OLAND工艺均主要通过控制反应体系中的溶氧的含量的变化，从而实现前期亚硝酸盐的积累以及后期亚硝酸盐的转化，然而这两种工艺均不能使两类型反应细菌同时生长，且主要偏向于亚硝酸盐的积累，因此在效率、经营成本方面欠缺优势。CANON工艺虽一定程度满足两类型细菌的同时生长，但存在氨氮浓度阈值低，控制困难等问题。现今，伴随异养硝化细菌，如Pseudomonas .（假单胞菌属）、Alcaligenes faecalis（粪产碱杆菌）等和好氧反硝化细菌 Bacillus subtilis（枯草芽孢杆菌）、Pseudomonas putida（恶臭假单胞菌）等的发现，使得进行两类型反应的细菌在同一反应体系内同时高效生存成为可能，同时，众多异养硝化细菌同时具有好氧反硝化作用，如Paracoccus denitrificans GB17（脱氮副球菌）、Pseudomonas sp.（假单胞菌）等。这些新型功能菌株的发现为新的脱氮工艺的研发提供一定的理论基础。2.3 烃类恶臭气体的去除烃类恶臭气体包括脂肪烃和芳香烃。对于这一类的恶臭气体物质，Pseudomonas（假单胞菌属）、Achromobacter（无色杆菌属）、Corynebacterium（棒状杆菌属）和Candida（假丝酵母）等具有良好的降解作用。微生物通过以下两种途径应对部分烃类难溶甚至不溶于水的的特点：①疏水表面的形成。微生物通过菌毛或细胞壁外由脂类或蛋白构成的荚膜，使菌体形成疏水表面，从而随机地与水中的油滴附着。②生物乳化剂的分泌。部分微生物通过分泌具备乳化作用的糖脂、脂蛋白、糖蛋白等，使油滴乳化成许多细小颗粒，由此扩大不溶烃类在水中的表面积，利于微生物的附着。值得注意的是部分乳化剂还具有促进某些烃类物质降解的作用。
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