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工程预算由于间接费、利润、税金等各项费用，是按照工程的专业（土建、安装、装饰、市政、人防、园林等）和工程类别（即按照施工难易程度分一、二、三、四类）分别规定了取费标准，审查时应该注意以下几个问题：审查取费标准是否与所用定额相匹配。在编制决算时，主体工程选用某专业定额，则取费标准必须选用与该专业配套使用的标准审查取费标准是否与工程类别相吻合。首先，根据工程规模及工程类别划分标准表，确定工程类别；然后，审查是否按确定的工程类别计取费用。如土建工程与安装工程的工程类别应分别按各自的工程类别划分标准表确定。
全程参与和监督分包工程预算合同价格的确定。对分包工程价格进行客观公正、实事求是地复核和测算，使分包工程合同的标底价格、中标价格及签约价格做到心中有数，遵照高质低价的原则，选择出 分包方，以利于分包工程合同的顺利签订。参与分包工程合同条款审查。审查分包工程合同条款，主要审查合同价格条款和材料供应条款及质量保修条款。审查复核分包合同签约价格或费率是否为中标价格或费率；分包合同中材料供应条款是否明确甲供料的供应方式及自购料的质量、购买程序和验收程序是否合规，竣工结算时费用的计取方式；质量责任保修年限和保修金额是否符合 相关规定。
履约保函的作用是保证承包商能按合同规定承担工程的实施和完成及其缺陷修复的银行担保，其有效期至业主向承包商颁发交工之日。工程预算承包商应按在规定的期限内向业主提交履约保函，未提交之前不得对其计量。动员预付款保函的作用是对业主支付给承包商用于开工前准备工作启动资金的银行担保，按工程进度以一定比例分期从各月的中期支付中扣回。其有效期至全部扣回之日起失效。承包商应按在规定的期限内向业主提交动员预付款保函，未提交之前不得支付动员预付款。
工程预算施工阶段，合理地确定部分主材单价也是很关键的。由于新工艺与新材料的不断出现，市场材料由于品牌、质量等因素的影响，价格差异相当大，这就要求审计人员对各种工程材料的市场行情，有相当程度的熟悉。建筑材料费通常会占比工程建安造价的50～60%左右，因此合理认定材料价格非常重要。 由于定价太高而推高工程造价的情况时有发生，对工程审计与工程款支付，产生非常不利的影响。
