工程预算审计主要针对工程项目决算的，在一个建设项目竣工完成，建设单位与施工单位结算工程款时进行的。工程预算审计就是工程预算审核（审价），是工程预算咨询单位咨询业务的一部分。受业主委托对其工程项目的概算、预算及结算等，依据现行 政策法规、计价依据及相关工程技术资料对送审造价的工程量、单价及取费等进行逐项审核。在运用工程量清单计价模式进行工程预算审计工作时，可以从以下几个方面来进行：
做好工程预算签证应掌握的环节
1、工程预算签证单要编号，要注明日期，要有变更内容，要有计量，必要时附图例。
2、对施工图纸设计变更滞后于施工进度而造成的损失，应在收到设计变更后，双方及时签证，杜绝事后签证。
3、对合同和定额中明确规定的特殊材料、装饰材料的市场价格进行的签证，双方要确认外购材料的厂家、品牌、质量等级、规格及材料价格。
工程预算信息来源是工程投标的前提。信息来源途径有：
1、主要依靠职工群众的力量。
2、经常到建设市场获取招标信息。
3、其他招标广告媒体等。公司应组成专家组，对获取的信息进行分析筛选。不能盲目的投入财力、人力等去奔波。
工程预算的签证内容如下：
1、有经验的承包商不可预见的恶劣的自然条件和非承包商人为障碍。
2、建设单位或监理工程师中的书面变更通知书。
3、建设单位或监理单位原因造成施工中断和工效降低。
工程预算对定额合理套用：
1)直接套用定额单价要注意套用的项目名称、内容与施工图纸标准是否一致，例如构件名称、强度等级、断面形式等； 为了避免重复套用项目费用还要注意定额包含的工作内容。
2)对于使用材料的名称、类别、定额与规格不同时，在允许定额换算的范围内，可以根据定额材料库中相对应的材料换算其定额材料和单价，如木门窗框料换算。
3)在工程项目中也要根据具体项目情况，乘上相应的调整系数，例如基础垫层系数、斜屋面增加系数等。
工程预算编制方面的依据：
1）它是计算和控制建设项目中建筑工程所需费用的依据。
2）它是编制单项工程综合概算的依据。
3）它是建筑工程设计方案经济合理的论证依据。