工程预算审计方法还有很多各有各的优缺点 ，要提高审计效率，关键是要会选择。政府投资项目范围广泛 ，各项目的建设难度、标准也不一致。另外，政府工程经常受到人为因素和自然条件的影响，往往建设时间长，存在较多的设计变更和现场签证 ，有的项目在审计时已经发生变化 ，甚至无法进行现场取证。这些因素决定了工程预算审计具有多样性、复杂性和风险性。因此，选择审计方法时，既要考虑不同的审计阶段和审计内容，还要结合审计目标，注意审计方法之间的交叉使用和外部审计条件的许可，做到有的放矢、科学使用。
工程预算审计主要是根据 有关法规和政策，依据 建设行政主管部门颁发的工程定额工料消耗标准、取费标准以及人工、材料、机械台班价格参数、设计图纸和工程实物量，工程预算的确认和控制进行有效的监督检查。在工程项目实施阶段，以承包合同为基础，在竣工验收后结合施工变更、工程签证的情况，作出符合施工实际的竣工造价审查结果，它是承发包双方结算的依据，也是工程决算的基础资料和依据。
工程预算编制过程中应用价值工程理论的特点如下：
（1）建筑产品的多样性特点决定了工程项目应用价值理论具有普遍性。
（2）建筑生产的单件性特点决定了工程项目应用价值工程理论具有一次性。
（3）建筑产品的投资巨大、价值高昂的特点，决定了工程项目应用价值工程理论具有节约的潜力大，应用效率高等特点。
（4）建筑产品的使用寿命长的特点，决定了在工程项目中应用价值工程理论应注重测算全寿命周期费用的特点。
（5）建筑产品具有的建设周期长和劳动密集的特点，决定了在工程项目中应用价值工程理论不仅要注意提高产品的质量和功能
工程预算审计人员做好造价审计工作，必须具备良好的职业道德素养。审计工作必须以理服人，以事实为准绳，以相关法律法规，规范合同为依据，因而，审计人员要学习，不断充实完善自己，充实自已，使审计工作能为社会创造更多的经济效益、社会效益。