决策阶段控制工程预算的方法一般有：
1）进行多方案的技术经济比较，择优确定 建设方案；
2）建立科学决策体系，合理确定投资估算；
3）客观、认真的做好项目评价；
4）推行和完善项目法人责任制，从源头上控制工程项目投资。
工程预算编制过程要注意以下几点：
（1）了解工程的设计文件、技术文件、现场勘查情况和施工条件。
（2）按国际清单要求设定清单项目 ，准确表述工作内容与工作要求，规范使用计量单位。
（3）清单项目设置完整，不漏项。
（4）工程量计算必须准确，不然给投标人实施不平衡报价以可乘之机。
（5）根据工程项目的具体特点和实际情况，考虑适度的预留金，为准备充分的建筑资金提供依据，避免因资金缺口而影响工程进度，也防止工程严重超支。
工程预算项目施工图预算修正、对工程承包合同的修正等等。加强市政道路工程造价预算控制的措施在前期立项中的一个重要工作环节就是准确的编制投资估算，此部分是研究、分析建设项目的经济效果的重要依据。在编制投资估算时要注意建设标准和主要技术指标要采用合理，并对重大的技术措施方案要有充足的分析论证。在项目建设各阶段中，决策阶段决定工程造价的基础，项目决策的内容影响工程造价的程度 。因为立项决策阶段所接触的内容直接影响之后各个施工建设阶段的工程造价，以及该造价的确定是否科学合理、便于管控。
工程预算保险费是指建设单位在建设期间向保险公司投保建筑安装工程险的费用。根据不同的工程类别，分别以其建筑、安装工程费乘以建筑、安装工程保险费率计算。工程承包费是指具有总承包条件的工程公司，对工程建设项目从开始建设至竣工投产全过程的总承包所需的管理费用。具体内容包括组织勘察设计、设备材料采购、非标设备设计制造与销售、施工招标、发包、工程预决算、项目管理、施工质量监督、隐蔽工程检查、验收和试车直到竣工投产的管理费用。该费用按 主管部门或省、自治区、直辖市协调规定的工程总承包费取费标准计算。施工机构迁移费是指施工机构由建设单位指定承担施工任务，由原驻地(指公司或公司所属工程处)迁移到工程所在地发生的往返一次性搬迁费用。包括被调迁职工(包括随同家属)的差旅费、调迁期间工资、施工机械设备、工具、用具、周转性材料等运杂费。引进技术及进口设备其他费用，
如对某单位一土建工程预算项目进行审计，审计人员通过审查发现该项目与以往审计过的某幢建筑物A的设计完全想同，经过测算该项目的经济造价指标和部分材料指标均高出A建设工程，审计人员进一步审计发现该项工程多计钢材16.3t；商品砼多计128.8m3。由于上年价格指数变动不大，且使用的是同一估价本，所以审计人员在审计过程中只考虑价差问题未考虑价格上涨指数，审计人员核减工程造价合计15.78万元。即审计人员在审计过程中由于子目过多，审计过程中可以对工程量、金额数目较大的子目进行筛选核对，确定核实建设项目决算工程量和造价的真实性、合理性的一种审计方法。