分包工程竣工结算审计是分包工程全过程跟踪审计的第三步，是对分包工程预算的终确定。分包工程预算的合理性和准确性，直接体现着分包工程的审计质量和审计成果严格复核结算工程量。对结算工程量要严格审查和准确计算，将工程量的计算及变更签证的确认作为审计重点，注意工程量的重复和多计，增强对虚假变更签证的辨别力。工程量的确定要依据施工图和业主或建设单位签发的公务通知单、设计部门的设计变更单。尤其对现场变更工程量的确认，严防只计增不计减，要把握住“在一般情况下，有增必有减”的原则，如果有增无减，就要查明原因。对野外偏僻的施工签证，要有现场各级人员的签认，否决“一言堂”签证。
通过相应的政策改变可以控制整体工程的造价，我国目前的设计费用是由工程总体造价来决定的，设计人员会从工程总体造价中抽取一定百分比的酬劳，这项政策是建筑行业一直以来的一个弊端，对控制工程预算十分不利，许多设计人员会因此通过不合理的材料采购或者故意进行高额的工程预算预算来提高工程预算，政府和相关的企业可以通过一系列的奖励和惩罚措施。另外，在审计的过程中，也要对设计人员的设计方案进行严格审查，发现不合理的地方要及时纠正，对于故意抬高工程预算的设计方案要坚决淘汰，这样才能体现出工程审计的作用，审计人员一定要尽职尽责，尽可能的保证工程质量的同时降低工程预算的成本。在具体的设计施工前双方会签订有效的施工合同，在之后的设计方案评选中，相关部门会对有关的图纸设计文件进行严格的审查。加大审查力度的同时，可以提高设计人员的自觉意识。
工程审计是控制工程预算的有效措施，它可以提高工程资金的使用效率，对整个工程项目起到了监督检查的作用。随着经济的快速发展，我国开展的大型工程也相应的增多，工程项目审计在工程建设经济活动中起了越来越重要的作用。我国在工程审计中也相应地借鉴了国外的一些先进的技术，通过科学有效的创新管理，不断的丰富工程审计的项目和类型，推动了我国工程建设方面的重大发展。接下来我们具体讨论工程审计在工程预算控制中的有效作用。
怒江工程预算阶段的造价控制主要集中在工程结算审查上，是对各控制阶段进行总结，是怒江工程预算控制的 一道关闸，它将决定建设项目的终投资额。预算员认为应采用审查法。审查工程量时应把握以下3点。 ，分清限制范围。 ，如果回填土综合基价中已综合了5m以内的取土运距，取土距离超过5m才可计算回填土回运，人工挖土抛土距离超过1.5m才可计算运土方费用，如建筑屋层高大于3.6m时，顶棚可计取满堂脚手架费用，现浇钢筋混凝土构件方可计取支模超高增加费。第二，工程量是否存在误差，分为正误差和负误差。正误差常表现在屋面架空隔热板未扣天沟，圈梁与构造柱重叠处不予扣除，墙体中的圈梁、过梁所占体积未扣；地下室及飘窗处圈梁代过梁与圈梁重复计算等；负误差表现在六层楼梯处未计算天棚满堂架等。因此对工程量进行审核时重要的是要熟悉工程量的计算规则。套用定额及单价的审核应注意以下几个方面定额套用是否合适。怒江工程预算定额具有科学性、权威性、法令性，必须严格执行，不能随意提高和降低。直接的子目审核首先采用项目名称和内容与设计图纸标准是否一致，如构件名称、断面形式、强度等级（砼标号、水泥砂浆比例）等。同时，要注意一些特殊的规定：檐高4.5m以下的挑檐板要套用相应平板子目；挑出墙面长度1.5m以上的现浇梁、板式阳台，执行有梁板子目；雨篷上带有钢筋砼立板时，立板部分另列项目计算，执行挑檐子目。