对分包工程合同履行过程的事中审计监督是分包工程全过程跟踪审计的第二步。审计的重点是分包工程量计量、施工现场变更、材料使用等审计要素工程量计量的准确性，现场签证的真实性。工程量的大小决定着分包工程的终造价，是确定分包工程预算的根本。工程量的准确性，将直接决定着分包工程的审计质量。事中审计监督就是要突出对分包工程实施过程的审计，强调变更签证工作量的现场审计。内审人员要按施工阶段定期或不定期地深入施工现场，对实际发生的工程量，进行现场丈量和取证核实，落实变更签证确认程序和内容的合理性，是否存在违规签证，虚增工程量，提高分包工程量的真实性和准确性。
履约保函的作用是保证承包商能按合同规定承担工程的实施和完成及其缺陷修复的银行担保，其有效期至业主向承包商颁发交工之日。工程预算承包商应按在规定的期限内向业主提交履约保函，未提交之前不得对其计量。动员预付款保函的作用是对业主支付给承包商用于开工前准备工作启动资金的银行担保，按工程进度以一定比例分期从各月的中期支付中扣回。其有效期至全部扣回之日起失效。承包商应按在规定的期限内向业主提交动员预付款保函，未提交之前不得支付动员预付款。
工程预算由于间接费、利润、税金等各项费用，是按照工程的专业（土建、安装、装饰、市政、人防、园林等）和工程类别（即按照施工难易程度分一、二、三、四类）分别规定了取费标准，审查时应该注意以下几个问题：审查取费标准是否与所用定额相匹配。在编制决算时，主体工程选用某专业定额，则取费标准必须选用与该专业配套使用的标准审查取费标准是否与工程类别相吻合。首先，根据工程规模及工程类别划分标准表，确定工程类别；然后，审查是否按确定的工程类别计取费用。如土建工程与安装工程的工程类别应分别按各自的工程类别划分标准表确定。
工程预算当招标人仅要求总承包人对其发包的专业工程进行总承包管理和协调时，总承包服务费按相应专业工程估算造价的1.5%计算。当招标人要求总承包人对其发包的专业工程进行总承包管理和协调，并同时要求提供配合服务时，总承包服务费根据招标文件中列出的配合服务内容和提出的要求，按相应专业工程估算造价的3%～5%计算招标人自行供应材料、工程设备的，总承包服务费按招标人供应材料、工程设备价值的1%计算。单价措施项目人工费)×10.25%。编制高投标造价价和投标报价时，暂列金额应根据招标工程量清单中列出的金额填写。暂估价是指招标人在招标文件中提供的用于支付必然发生但暂时不能确定价格的材料、工程设备的单价以及专业工程的总价。包括材料暂估单价、工程设备暂估单价、专业工程暂估价。